住宅ローンを完済すると、住宅ローンの担保として不動産に設定されていた抵当権はなくなります。
しかし、ローン完済と同時に担保権者である銀行が、自動的に抵当権の抹消をしてくれるものではなく、当然に不動産登記簿における抵当権の記載がなくなるものではありません。
したがって、銀行が送ってくる抵当権抹消の手続きに必要な書類をもって、所有者が抵当権抹消手続きを行わなければなりません。

抵当権抹消の手続きは以下のようになります。

1.ローン完済後、金融機関または保証会社から手続きに必要な以下の書類が郵送されます。
・弁済証明書又は抵当権解除証書
・抵当権設定契約証書
・代表者事項証明書・登記事項証明書
・金融機関等の登記関係証明書
・委任状（金融機関の代わりに債務書である申請人が、抵当権抹消登記を申請するための委任状）

2.管轄となる法務局を探します。インターネットを使えば、法務局のページから簡単に調べることができます。

3.法務省のサイトで申請書類をダウンロードまたは、法務局で入手します。申請書類を入手したら、金融機関等から郵送されてきた弁済証明書または抵当権解除証書・抵当権設定契約証書・代表者事項証明書・登記事項証明書・委任状と合わせて準備します。

4.所有する不動産を管轄する法務局へ出向き、証明書発行窓口で最新の登記事項証明書を入手し、そのあと登記申請書面に記入し完成させます。

5.法務局窓口にて申請、受理
という流れになります。

住宅ローンの完済後放置しておくと以下のようなデメリットがあります。
住宅ローン完済後、抵当権の登記をそのままにしておくと不動産の売却が困難になります。なぜなら、ローンが完済され抵当権が消滅したとしても、登記簿上ではそれが分からないため、信用されないからです。また、売買契約書には「買主の所有権の完全な行使を阻害する一切の負担を、除去・抹消します」との記載があることが多く、抵当権などが設定されている場合、通常不動産を売却することは困難です。もっとも、ローン返済中の物件を売却するとき、その売却代金をもって完済するのであれば、「抹消登記」と「所有権移転登記」を決済の日に同時に行うこともできます。
登記簿に抵当権が記載されたまま、その所有者が亡くなり相続が発生すると抵当権設定者に代わり、相続によって新しく所有者となった者が手続きをすることになり、相続にかかる手続きが完了し新しい所有者が決まるまで、抹消手続きができなくなる、遺産分割協議において時間がかかる場合などにより手続きが複雑になる可能性があります。
抵当権が設定されている不動産を担保にさらに融資を受けようとした場合、第一順位抵当権の登記が残ったままでは、有効な第一順位の抵当権が設定できないため、融資を受けられない可能性があります。